Находился в 8 км от села Урлук на одной сопок Чикоконского хребта.

Монастырь был основан в 1826 году преподобным Варлаамом Чикойским, отшельником поселившемся в этой местности в 1820 году. В 1835 году Чикойский монастырь был причислен к разряду заштатных. На территории монастыря находилось три храма: Иоанно-Предтеческий (соборный храм, построен в 1837-41 годы), в честь иконы Божией Матери «Споручницы грешных» и во имя преподобного Варлаама Печерского (небесный покровитель основателя монастыря). К монастырю относилась также церковь во имя Великомученика Пантелеимона (построена в 1890 году) в скиту при Ямаровских минеральных водах. Монастырь вёл миссионерскую деятельность среди бурят, при нём располагалась школа.



В 1915 году по причине исчезновения в колодцах воды монастырь был закрыт и перенесён к Староселенгинскому собору, а в тайге осталась лишь заштатная пустынь. В 1927 году умер последний монах пустыни, а в 1930-е годы монастырь был уничтожен.

В 2002 году среди руин Чикойского монастыря было определено место захоронения преподобного Варлаама Чикойского и по благословению патриарха Алексия II 21 августа состоялось обретение его мощей, которые поместили в приделе Александра Невского Казанского кафедрального собора Читы.