Основан членами Даурской Духовной Миссии в 1681 году в качестве подворья Селенгинского Троицкого монастыря на побережье озера Байкал, близ места вероломного убиения царского посла Ерофея Заболоцкого и его товарищей монголами племени Цысан-хана.

Первая часовня пустыни-подворья была названа в честь святителя Николая Чудотворца. В 1700 году освятили новый храм в честь иконы «Знамение» Пресвятой Богородицы, а в 1718 году – деревянную Спасо-Преображенскую церковь.

После пожара 1769 года, истребившего почти все здания обители, был заложен собор с нижним приделом во имя иконы «Знамение» Пресвятой Богородицы и верхним в честь Преображения Господня. Строительство этого древнейшего храма Бурятии было окончено в 1778 году.

В 1812 году освящена существующая доныне церковь во имя святителя Николая Чудотворца, а в 1820 году окончено построение каменной ограды вокруг монастыря и заложен храм в честь святого апостола и Евангелиста Иоанна Богослова.

Расположение обители близ залива Прорва с его морским портом являлось до середины XIX столетия причиной ее посещения многими известными государственными и общественными деятелями на их пути из Прибайкалья в Забайкалье, Китай и Монголию и обратно. Особое внимание уделяли монастырю с его некрополем убиенных послов российские дипломатические миссии, которые принимали здесь послов из других государств.

С 1862 года в обители находился центр Забайкальской Духовной Миссии и епископская кафедра Селингинского викарства, перенесенные в 1880 году в областной город Читу.

В 1901 году монастырь преобразован из мужского в женский.

После революции 1917 года обитель закрыли, все ее сооружения кроме двух храмов, в 1930-е годы разобрали и вывезли. В конце 1950-х был разрушен световой этаж и купола Спасо-Преображенского собора. До времени регистрации здесь в 1995 году православного прихода монастырь использовали под клуб, школу и больницу психически больных детей.

19 апреля 2000 года Священный Синод Русской Православной Церкви принял решение возродить Спасо-Преображенский Посольский мужской монастырь на Байкале.

12 июля 2002 года в монастыре зазвонили новые колокола. С 18 июля 2002 года ведутся ремонтно-реставрационные работы на главном храме обители. В ходе археологических исследований, проведенных летом 2002 года, были определены места захоронения убиенных послов, расположение часовен, каменной ограды со святыми вратами и башнями. Планируется восстановление всего монастырского комплекса.