Каменная Богородице-Тихвинская церковь была заложена вместо существовавшей ранее деревянной в 1812 году на месте, пожертвованном под церковь бурятами 2-го Табагунского рода. Левый «теплый» придел во имя святителя Иннокентия Иркутского был освящен 1 ноября 1820 года, а правый «холодный» во имя иконы Божией Матери «Тихвинская» был освящен 20 июня 1827 года. Церковь была красива внешне и богата внутренним убранством. Так как село Усть-Кяхта являлось слободой от Кяхты, через речной порт которой отправлялись кяхтинские купеческие товары, то церковь пользовалась определенным попечением кяхтинских купцов.

Старая деревянная Тихвинская церковь была перенесена на другое место севернее новой, каменной, обновлена и освящена в 1833 году во имя пророка Илии. Церкви определено быть кладбищенской. В 1930 году она была разобрана и перевезена в село Зарубино, где из нее оборудовали клуб.

Каменная церковь была закрыта в 30-е годы XX века, купол церкви и колокольня были снесены. В здании церкви оборудовали клуб. В 90-е годы церковь была заброшена.

16 апреля 1999 года решением главы МО «Кяхтинский район» Тихвинская церковь была передана верующим. 24 января 2000 года при церкви был зарегистрирован приход. В настоящее время церковь не восстановлена. Богослужения проходят в рядом расположенном новопостроенном молебном доме.