В 1994 году образован Богородице-Казанский приход. Открыта молельная комната в городском Доме Культуры. Послушание окормлять приход получил настоятель Успенского Храма города Кяхта иерей Виктор (Трофимов).

21 июля 1994 года прошло освящение установленного Креста на месте строительства Храма. 04 ноября 1994 года состоялся молебен и освящение фундамента на месте строительства Часовни. 8 мая 1995 года состоялось освящение Часовни по благословению Преосвященного Палладия, епископа Читинского и Забайкальского. Часовня в честь святого великомученика Георгия Победоносца построена как действующий памятник - часовня, в честь 50-летия Победы в Великой Отечественной войне. В июне 1995 года иерей Виктор Трофимов назначен настоятелем Богородице-Казанского прихода города Гусиноозерска.

Во второй половине 1998 года завершен пристрой алтаря и притвора. Часовне присвоен статус однопредельной Церкви. В 1999-2000 годах в церкви выполнены работы по изготовлению иконостаса: деревянная часть иконостаса и клироса вырезана из кедра, в ручную написаны иконы. 9 ноября 2003 года церковь освящена по полному чину преосвященным Владыкой Евстафием в сослужении благочинного Бурятского округа протоиреем о.Олегом (Матвеевым). В престол заложены частички мощей святой великомученицы Евстафия Плакиды. С августа 2004 года настоятелем Богородице-Казанского прихода назначен иерей Евгений (Седунов).