Аннинская Николаевская миссионерская церковь находилась в селе Додо-Анинск (ныне Хоринск). Она была построена и освящена в 1856 году. После революции от церкви не осталось даже фундамента. Было известно, что она находилась в центре села на месте современной пожарной части, и называлась во имя святителя Николая Чудотворца.

В 1993 году, по благословению правящего тогда епископа Вадима (ныне архиепископ Иркутский и Ангарский) и с разрешения местных органов власти, был зарегистрирован православный приход. Как и разрушенный храм, он был назван Свято-Никольским.

Летом 1993 года руководством Хоринской МПМК при содействии районных властей приходу было передано здание клуба «Строителей».

Со временем здание бывшего клуба было частично переоборудовано и приспособлено для совершения в нём богослужений.

В 2007 году проведена полная реконструкция внутри здания, после которой в ноябре храм был освящён епископом Читинским и Забайкальским Евстафием.

Рядом с храмом в церковной ограде находится здание бывшей конторы МПМК, принадлежащее приходу и переоборудованное под келейный дом. Есть гараж и баня. При помощи местных органов власти получен в постоянное пользование земельный участок в 10 км от Хоринска для сельхозосвоения.