Ближе к середине XVIII века в юго-западной части Земляного города, на так называемом Киселёвском бугре, стала образовываться слобода из новопоселенцев. Слобода получила название Безродной, так как большую часть её жителей составляли беглые крестьяне «без роду, без племени». Эти слобожане были прихожанами Петропавловской церкви, что стояла у Адмиралтейства. Начатое в 1744 году сооружение в Астрахани канала отделило Безродную слободу от приходского храма. Теперь священнослужителям этой церкви, вызываемым на различные требы к безродненским жителям, из-за стоящего на их пути канала и из-за постоянных бываемых здесь от дождя грязей тяжело было попасть на место. Такая же трудность возникала и у слобожан, желавших побывать у церковной службы.
В 1763 году жители Безродной слободы, в которой в то время находилось уже триста дворов, просили у астраханского епископа Мефодия разрешения перенести к ним находившуюся при Крестовоздвиженском храме бесхозную деревянную церковь в честь Святителя Иоанна Златоуста. Архипастырь дал им своё благословение, и в этом же году она была перенесена на новое место, на самый центр Киселёвского бугра, с учреждением здесь своего прихода. В середине XVIII века с северной стороны храма был устроен деревянный тёплый придел в честь Толгской иконы Божией Матери. 10 августа 1803 года по благословению архиепископа Платона (Любарского) этот придел по ветхости был упразднён, а в 1818 году сломан. В 1819 году астраханский мещанин Иван Петрович Шарыгин на свои средства восстановил, теперь только с южной стороны, тёплый придел в честь Толгской иконы Божией Матери. Придел был освящён в том же году кафедральным протоиереем Фёдором Александровым с благословения архиепископа Гаия (Токаова).
Но сама деревянная церковь Иоанна Златоуста была очень мала и ветха. Это побудило её священнослужителей, вместе с церковным старостою Даниилом Ивановичем Плотниковым, просить в Духовной Консистории сборную книгу на постройку нового храма. По этой книге было собрано пожертвований до 10 тыс. рублей. Церковный причт договорился с титулярным советником Николаем Михайловичем Ладыженским о выделке на его кирпичном заводе до ста тысяч штук кирпича. После чего сразу же началось строительство храма. После постройки каменной трапезы был перенесён из старого храма и устроен здесь с правой стороны придел в честь Толгской иконы Божией Матери. Устройство придела финансировал тот же благотворитель – И.П. Шарыгин. Этот придел был освящён 18 ноября 1823 года членом Консистории священником Андреем Ивановым. С левой стороны трапезы на средства астраханского купца Ивана Матвеевича Хлебникова был устроен придел в честь Святого Апостола и Евангелиста Иоанна Богослова. Этот придел был освящён 8 мая 1824 года строителем Иоанно-Предтеченского монастыря иеромонахом Серафимом. Сама церковь была достроена старанием нового церковного старосты Ивана Андреевича Чучина в 1825 году.
Внутренняя отделка храма была готова к октябрю 1826 года, а сам храм освящён 10 октября 1826 года Астраханским архиепископом Павлом (Суботовским)
К середине XIX столетия с увеличением числа прихожан храм в воскресные и праздничные дни не мог вместить всех желающих помолиться здесь. Видя это, настоятель церкви протоиерей Иоанн Якиманский совместно со священниками Николаем Летницким и Павлом Нартовым и церковным старостою Иваном Жегулиным решили расширить храм. Было предложено перенести боковые приделы из трапезы храма и поставить их на одну линию с центральным алтарём, а также расширить и саму трапезу на две сажени с обеих сторон. В 1862 году городским архитектором Дмитриевским был составлен план и фасад церкви с показанием предполагаемых пристроек, который и был представлен в начале 1863 года в Духовную Консисторию на её рассмотрение. Была испрошена сборная книга, по которой церковным причтом было собрано пожертвований до 10 тыс. рублей. В 1864 году придельные алтари в трапезе были сломаны и установлены на новом месте под надзором губернского архитектора Шемановского. Освящёны они были Астраханским архиепископом Афанасием (Дроздовым) в честь Толгской иконы Божией Матери 10 января 1865 года, а в честь Апостола Иоанна Богослова 19 сентября 1865 года.
В 1877 году старанием настоятеля церкви протоиерея Иоанна Чудновского, священников Павла Васильковского и Григория Юдина и церковного старосты Николая Полетаева храм был ещё более расширен, согласно плану, составленному городским архитектором Фольратом. Трапеза храма из-за тесноты помещёния была расширена с северной и южной сторон на пять сажень в квадрате. Возведены были новые каменные стены, с той и с другой стороны, параллельно с приделами, к которым были пробиты из трапезы арки. Арка же в церковь была расширена более чем на сажень со всех сторон. Накат, потолок и крыша на трапезной устроены новые. А внутренняя средняя часть трапезы сделана куполообразно, соответственно расширенной арке в церковь. Построены были новые каменные кладовые для помещёния библиотеки и церковных вещёй с обеих сторон колокольни. На все эти работы было употреблено 4 500 рублей.
Внутренний облик храма в начале XX столетия
Весь храм, а также алтарь, и трапеза, и колокольня были расписаны священными изображениями в октябре 1826 года отставным урядником Василием Кобзевым.С расширением церкви в 1864 году по местам были дописаны священные изображения. То же произошло и после 1877 года, когда расширенная с обеих сторон трапеза была заново расписана, а старая роспись подновлена. Все стены храма, как и потолки, в промежутках между изображениями были подведены под мрамор в 1864 году.
Центральный иконостас был изготовлен в ноябре 1866 года мастером Александром Ефремовым, имел очень изящные ажурные формы и был вызолочен на полимент. Иконостасы боковых приделов были изготовлены тем же мастером в 1864 году и имели вид схожий с главным иконостасом. При входе в саму церковь из трапезы в 1871 году был также устроен особый иконостас с колоннами и резьбою, вызолоченный на полимент, на средства церковного старосты Александра Ивановича Ипатова. В храме находились четыре круглые печи, обитые железом, и одна изразцовая в кладовой. Пол в храме был выстлан белыми плитами, а в ограде вся площадь вокруг храма выложена кирпичом.
Иоанно-Златоустовский храм некогда украшала высокая двухъярусная колокольня, выстроенная с ним в одной связи в 1826 году. 10 марта 1919 года во время восстания астраханских рабочих против Советской власти колокольня храма была снесена выстрелом из орудия с миноносца «Московитянин». В это время в храме звонили к службе, а большевики посчитали, что этим звоном восставшим подаётся какой-то сигнал. В 1923 году на средства верующих колокольня была вновь восстановлена в прежнем виде, но при закрытии храма в 1938 году вновь была сломана. Хочется сказать, что колокола Иоанно-Златоустовской церкви были настроены по камертону. Слепой звонарь Григорий Чаплыгин с необычайным искусством умел звонить, за что был принят в члены профсоюза работников искусств.
В 1944 году Иоанно-Златоустовский храм был снова возвращён в ведение епархиального управления и открыт для посещёния верующими.
Вскоре после открытия приходской совет храма решил возбудить вопрос о восстановлении колокольни. 23 ноября 1948 года уполномоченному по делам Русской Православной Церкви при Совете Министров СССР из отдела по делам архитектуры при облисполкоме поступил на согласование проект восстановления колокольни церкви Иоанна Златоуста города Астрахани. Проектом, разработанным архитектором В.И. Черняевым, предусматривалось восстановление кирпичной двухъярусной колокольни, находящейся на сохранившемся основании старой колокольни. На основании согласования при участии экспертов – инженера В.А. Ненастьева и архитектора А.В. Николаева – было решено проект отклонить по следующим причинам: 1) существующая церковь Иоанна Златоуста расположена на участке, предусмотренном по генеральному плану под жилые кварталы, и запроектированная колокольня явится лишней и случайной архитектурной вертикалью, мешающей в дальнейшем правильной планировке и застройке данного района; 2) сложные конструкции, чрезмерно толстые стены и богатая отделка потребуют большого расхода остродефицитных стройматериалов, что делает восстановление колокольни неэкономичным и несвоевременным. Рекомендовали вместо колокольни соорудить около церкви звонницу. Церковная община вынуждена была так и поступить – устроить возле храма деревянную звонницу, на которой был подвешен колокол в 200 килограммов, отлитый в Астрахани.
В 1944 году по инициативе архиепископа Филиппа (Ставицкого) правый придел в честь Толгской иконы Божией Матери был переименован в честь иконы Божией Матери «Всех Скорбящих Радосте». Причиной такого события была всеобщая для всего русского народа скорбь, причинённая бедствиями Великой Отечественной войны, и только Матерь Божия своими непрестанными молитвами облегчала эти страдания и способствовала скорейшему окончанию войны.
Тогда же стараниями настоятеля храма протоиерея Василия Смирнова и старосты Плотникова было восстановлено его внутреннее убранство: постелены новые полы и установлен новый иконостас, простой работы, без позолоты, с иконами работы местных художников. В 1956 году при епископе Сергии (Ларине) и председателе церковного совета Федоткиной был произведён капитальный ремонт храма. Звонница была сломана, а колокол был перенесён в специальную надстройку, сооружённую на месте старой колокольни.
В этом же году храм был заново расписан священными изображениями, а также был изготовлен новый иконостас, радующий глаз своею позолотою и богатою резьбою под виноградную гроздь.
Внешний вид храма сейчас мало отличается от дореволюционного. Храм построен в классическом стиле, венчается мощным шлемообразным куполом. Фасад храма украшает несколько лепных изображений, появившихся намного позднее построения храма – в конце XIX века. Они были восстановлены в 1956 году и сейчас гармонично вписываются во внешний облик церкви.
Долгое время скорбью отдавалось в сердцах отсутствие колокольни, из-за чего искажался и внешний облик храма, который делался приземлённым, затерянным среди окружавших его зданий. Но 25 августа 2001 года наконец-то свершилось то, что очень долго ждали астраханцы, – состоялось торжественное освящёние закладки первого камня в основание новой колокольни. Эта колокольня строится в точном соответствии со старыми формами, в строго классическом стиле.
Из святынь Иоанно-Златоустовского храма, ныне хранящихся в нём, можно назвать часть благодатной власяницы Священномученика Иосифа, митрополита Астраханского, в которой его мучили и жгли на костре. Эта святыня хранится в алтаре храма и выносится по желанию верующих во время служения молебнов святителю Иосифу и для возложения на главы больных людей.
