Место под строительство кафедрального собора Южно-Сахалинской епархии в честь Воскресения Христова освятил митрополит Волоколамский и Юрьевский Питирим (Нечаев), посетивший Южно-Сахалинск в августе 1990 года. Из-за нехватки финансовых средств, к строительству приступили только в 1992 году. Освящение построенного собора состоялось 7 января 1995 года в праздник Рождества Христова. Адресом собора стало пересечение улицы Комсомольской и Коммунистического проспекта, но 10 декабря 1997 года участок аллеи между улицей Комсомольской и центральной аллеей южного входа в городской парк, получил наименование "Бульвар Святителя Иннокентия", в связи с празднованием 300-летия открытия Курильских островов русскими.

В октябре 1997 года в нижнем помещении храма начались работы по устройству храма Воскресения Словущего. 4 апреля 1998 года в день Похвалы Пресвятой Богородицы нижний храм был освящен в часть праздника Обновления храма Воскресения Христова в Иерусалиме в 355 году после обретения святой равноапостольной царицей Еленой Честного Креста Господня.

11 сентября 2002 года состоялась закладка камня на начало строительства колокольни кафедрального собора.