Обитель стоит возле с. Пупки, в 15 км от г. Шуи. Монастырь был основан в царствование Василия Темного на месте обретения иконы Николая Чудотворца. По преданию, одна благочестивая крестьянка, придя за водой на р. Шартому, нашла небольшую иконку свт. Николая. Она отнесла ее домой, но наутро святой образ исчез. Чуть позже его обнаружили на болотистом месте прислоненным к кочке. Это событие и послужило причиной создания здесь обители.

Монастырь стал известен в XV в. Великое усердие в деле благоустроения Свято-Николо-Шартомской обители проявил ее игум. Конон. Всего в монастыре было возведено четыре храма: древний собор во имя свт. Николая Чудотворца (XVII в.); Казанская церковь (XVII в.); церковь во имя св. Григория Акрагантийского и Преображенская церковь над Святыми вратами (1696-1813 гг.). Главными святынями монастыря считались явленный образ свт. Николая и Казанская икона Божией Матери, написанная в XVII в. затворником Шартомекой обители прп. Иоакимом, гроб которого находится под фундаментом Казанской церкви. С 1897 г. было установлено совершать крестные ходы, обнося эти святыни по домам жителей г. Иванова и ближних деревень.

Революция прервала жизнь древней обители. В начале 20-х годов Николо-Шартомский монастырь был закрыт, ценная утварь и иконы реквизированы, библиотека и часть икон сожжены. В последующие годы строения монастыря использовались под хозяйственные нужды и превращены в руины.

Однако свт. Николай не оставил своими молитвами это место. Осенью 1990 г. древний Свято-Николо-Шартомский монастырь был возвращен Церкви.

Сегодня в монастыре ведутся строительные и реставрационные работы. Первый храм, который был восстановлен, - Преображенский. Совершаются каждодневные богослужения.

В монастыре живут около 100 монахов.