Пустынь основана Преподобным Никандром Городноезерским в XVII веке на месте бышего там Воскресенского монастыря. Обитель не отличалась многолюдством. По описи 1581 года в Гродноезерском монастыре имелось: одна келлия игуменская и 10 келий братии жило 3 старца. Из всех монастырей Новгородской земли Никандрова пустынь была одним из самых пустынных мест.

Преподобный Никандр дожил до глубокой старости и почил в 1603 году. Господь прославил Своего угодника чудесами исцеления, происходящими у его могилы. Над могилой преподобного Никандра в начале XVII века была построена церковь во имя Всемилостивого Спаса.

Постепенно Гродноезерский монастырь пришел в упадок и в 1764 году, при императрице Екатерине II, был упразднен, монахи переведены в другие обители.

Над могилой преподобного Никандра Гродноезерского на месте сгоревшей церкви была построена часовня, которая была действующей до 1930-х годов.

В 20-е годы XIX века началось строительство нового каменного храма и в 1831 году он был освящен во имя Святой Троицы. Причем храм был построен и содержался пожертвованиями местных дворян-землевладельцев: Апраксиных, Мякининых, Филипповых, Михель, Сиверс.

В первой половине XX века на месте обители возникла деревня Никандрово Любытинского района Новгородской области.

Закрытый храм использовался под хранения зерна. С маковки были сорваны кресты, церковное имущество разграблено, иконостас разбит, роспись подвергалась поруганию, фрагменты Царских врат, коими гордился храм до разрушения, долгие годы вместе с битыми кирпичами и стружкой находились под полом алтарной части церкви. Позже заброшен. Время стало разрушать. Проржавело кровельное железо, сгнили стропила, крыша стала прорастать травой, деревьями, появились сквозные дыры... Говорят, что архиепископ Новгородский и Старорусский Лев, проезжая однажды мимо Никандрова, попрощался с храмом. Навсегда. Но поспешил... Ибо свершилось чудо.

В августе 1992 года о. Иосиф, настоятель Успенского храма в селе Внуто (в 10 км от Никандрово), по благословению Патриарха Алексия II перенес мощи преподобного Никандра Городноезерского в действующий храм села Внуто. На месте прежнего упокоения под камнем на Никандровском погосте хранятся частицы мощей преподобного угодника Божия.

В августе же 2000 года в день канонизации Новомучеников Российских было обнаружено мироточение стоявшей в алтарной части храма иконы Владимирской Божией Матери. Крупные капли появлялись вновь и вновь, источая временами аромат, чем-то похожий на духи «Красная Москва». Символично, что эти духи до революции носили другое название и были духами императрицы Александры Федоровны, канонизированной в этот день. Вечером при чтении акафиста типографские краски иконы стали ярче, проступил розовый цвет края рукава одеяния Богородицы и хитона Богомладенца. Икона «плакала» в рушившемся храме, повергая прихожан в изумление и священный трепет.

Удивительно, но буквально через месяц после знаменательного плача Владимирской иконы нашелся мирянин, согласившийся пожертвовать значительную сумму денег на восстановление и реконструкцию церкви Святой Троицы. Так началось восстановление храма. С лета 2002 года в храме Городноезерской обители совершаются регулярные богослужения.
Во всем том, что ныне происходит видна молитвенная помощь и покровительство преподобного Никандра.