Название селение получило от места своего расположения на правом берегу р. Пахры. Существовало оно еще в XVI в. В 1623 г. «пустошь, что была деревня Пахрино» купил князь А. М. Львов. Продолжал застраивать сельцо окольничий князь С. П. Львов, который поставил в сельце деревянную церковь во имя Архангела Михаила. После его гибели в крымском плену в октябре 1660 г. село Пахрино отписано было на Государя и вошло в состав конюшенной Домодедовской волости, тогда же в селе была основана конюшня Государя, где содержалось более сотни царских коней.

В 1677 г. по велению царя Федора Алексеевича в селе построена каменная церковь во имя Живоначальной Троицы с приделом Феодора Стратилата. Строилась она для обслуживания государевых людей и считалась казенной, в то время как приходской считалась первоначальная деревянная церковь Архангела Михаила. Новую церковь сложили из кирпича, покрыли тесом, на главе придела и колокольне поставили деревянные кресты, а пол выстлали кирпичом. Со временем деревянную церковь упразднили, а каменная содержалась за счет дворцового ведомства.

В 1795 г. по указу придворной конюшенной конторы тесовую крышу перекрыли вновь, покрасив ее красной краской, кресты заменили на железные, стены снаружи побелили известью, а кирпичный пол заменили белокаменным.

В истории церкви видное место занимает осень 1812 г. После занятия Москвы французы в Успенском соборе Кремля устроили специальную печь, в которой плавили золотые и серебряные вещи, собранные по всему городу. В числе ограбленных оказалась и чудотворная икона Казанской Божией Матери, украшенная по обету князя Д. И. Пожарского драгоценными камнями и являвшаяся святыней Казанского собора, построенного князем на свои средства в 1630–36 гг. Золотая рама иконы оказалась в Успенском соборе, но переплавить ее французы не успели. Саму же икону дьячок собора Захарий Сафонов перенес в дом протоиерея Иоанна Сергеевича Машкова. 29 сентября 1812 г. спасаясь от неприятеля, о. Иоанн, как и большинство москвичей, покинул столицу, а небольшую икону захватил с собой. Местом его нового пристанища стало Пахрино.

Много позже была обнаружена рукопись о. Иоанна, в которой описываются знамения и чудеса, изливавшиеся от иконы Божией Матери. Протоиерей Успенского собора А. В. Никольский на основании этой удивительной рукописи опубликовал статью, в которой, описывая со слов о. Иоанна Машкова события осени 1812 г. в Пахрине, в частности писал: «В бытность в селе Пахрино, 6-го числа октября, в воскресение, услышавши в три часа пополуночи пушечную пальбу залпами и вместе узревши в юго-западной стороне от Пахрино обширное зарево, по признакам сим (о. Иоанн) почитал быть большому сражению. Дождавшись рассвета и доставши у пахринских жителей подзорную трубу, всходил он на пахринскую колокольню, но не мог там усмотреть бранного места сражающихся. Тогда он предложил села того священнику Петру Петрову справить молебен Божией Матери перед чудотворною Ее Казанскою иконою для испрошения свыше помощи Российскому воинству. Священник охотно на сие согласился. Но как они почитали в то время за опасность не только звонить в колокол, но и входить в церковь, ибо за набат в селе, случившийся за два дня, едва тот священник был не расстрелян неприятелем, а за Пахрою рекою против села стоял неприятельский пикет, то расположились они отправлять молебен не в церкви, а в священническом доме Петрова. Не нужно им было приглашать на молебен всех укрывавшихся там московских и пахринских жителей за невозможностью всех их поместить в покоях: некоторые из них собрались в дом священника без зову и их было довольно. При начале молебна, около десяти часов утра, пальба производилась жесточее прежней; но тем ревностней всякий стал призывать Божию Матерь на помощь нашему воинству. Как скоро они кончили молитву, в ту же самую минуту пальба прекратилась и настала тишина…

Вскоре после того послан был пахринскими чиновниками конюх верхом на лошади в Подольск для осведомления о следствиях бывшего сражения; тот, возвратившись к ночи, сообщил: разбит был и прогнан Неапольский король с его корпусом при Тарутине.

На другой день, поутру, Пахринской волости и конюшенного завода секретарь Тимофей Федоров Буторин принес ту икону в дом свой и там со своим семейством и гостьми через священника Петрова молебствовал перед нею, с приложением акафиста за дарованную Российскому воинству победу».

К сожалению, эта чудотворная икона Казанской Божией Матери икона была утеряна во время русско-японской войны 1904 г.

Но вернемся снова в начало XIX столетия. В 1816 г. старое здание церкви почти полностью разобрано, алтарь и стены возвели тогда же из нового кирпича. Внутри новый храм выглядел просторно — в виде прямоугольной палаты, алтарь от нее отделяла кирпичная стена с пролетами для царских и боковых дверей. Престолы и иконостасы были сделаны новые. В самом храме установили новый трехъярусный иконостас под лаком с гладкими украшенными позолоченной резьбой полуколоннами. Полукруглые царские врата окрасили в красный цвет, стены холодной части храма покрасили голубой краской, а в теплом приделе масляной охрой.

В ризнице церкви как реликвия хранилась медная доска, надпись на которой свидетельствовала, что церковь была основана повелением царя Федора Алексеевича, а перестроена «и приличным благолепием украшена иждивением благочестивого Государя Императора Александра Павловича».

Через два года прихожане обнесли церковь каменной оградой.

После упразднения во второй половине XIX в. Пахринской, а затем и Бронницкой придворных конюшен, церковь стала приходской и содержалась прихожанами. К концу века храм стоял одиноко, около него не было ни одного жилого строения. Краски повсюду отлетели, иконы были закопченными. От дальнейшего разрушения его спас купец В. С. Леонов. На свои средства он покрасил храм снаружи и изнутри, сложил новые печи, возобновил иконостасы и иконы, построил деревянную церковную сторожку и сарай для хранения дров.

По инициативе священника Николая Федоровича Розанова и церковного старосты Василия Степановича Балова, усердием купца В. С. Леонова в 1903 г. от церкви была открыта церковно-приходская школа. Вначале планировали построить ее на правом берегу Пахры близ дворов причта, но это было бы неудобно для ребятишек, проживавших на другом берегу реки, и чтобы избежать неудобства здание школы возвели в д. Ново-Съяново. День открытия школы, 28 октября 1903 г., начался с крестного хода из церкви: впереди, возглавляя шествие, выступали старожилы — седовласые деды без шапок с иконами в руках, — за ними следовали дети, а уже после них родители. К первым занятиям в школе приступили сразу 35 учеников.

Информация подготовлена с использованием материалов сайта
mihaylovskoe.orthodoxy.ru

В селе Пахрино в 1912 году оставалось всего 3 двора, а к 1917 году были снесены и последние дворы.

Троицкая церковь стояла без пения до 1930 года, в том году церковь была разобрана и из кирпича была построена школа в деревне Павловское.

Пахрино находилось у Пахры западней деревни Новленское на 1 км.