Основана в 1858 году для «безмолвного уединения некоторых старцев Гефсиманского скита» архимандритом Антонием недалеко от древнего Свято-Николького монастыря (упразднён в 1562). Пустынь и её главный храм посвящены Святому Духу Параклиту.

В 1861 году на средства купца Ивана Кирилловича Королёва выстроено старейшее из сохранившихся зданий скита храм Святого Духа Утешителя (Параклита) с нижним храмом Крестителя Господня Иоанна (архитектор — П. Я. Миронов; по другим сведениям — И. Малышев).

В конце XIX — начале XX веков в русском стиле выстроены:
кирпичная ограда (не сохранилась);
кирпичная надвратная колокольня — самое высокое сооружение монастыря;
кирпичный двухэтажный корпус в виде угловой башни (1896—1898, архитектор — А. А. Латков);
несколько деревянных келий.

После закрытия Троице-Сергиевой лавры в 1919 году пустынь Святого Параклита некоторое время действовала как самостоятельный монастырь (официально значилась как трудовая артель). В 1927 году в пустыни принял постриг будущий Патриарх Московский и Всея Руси Пимен (Извеков). В 1927 году пустынь упразднена. До середины 1960-х годов в храме святого Параклита размещалась сельская школа и клуб.

Пустынь возвращена церкви в 1992 году. Ныне действует как скит и приходской храм Троице-Сергиевой лавры.