Основан по указу Иоанна Грозного в 1566 году в миссионерских целях, для проповеди Православия среди народов Поволжья с этническими религиями. В 1600 году начались возведения строений в камне.

В 1609 году монастырь был сожжен и разорен, а настоятелель отец архимандрит Геласий был убит.

В XVII веке монастырь владел шестью деревнями, почти 900 десятинами земли, рыбными угодьями на реке Волге.

В 1924 году монастырь закрыли. Его здания передали под комсомольский и пионерский клубы.

В 1992 году решением правительства бывший монастырь был вновь передан Чебоксарско-Чувашской епархии.

Одна из немногих обителей, которая сохранилась до наших дней с тех времен. В монастыре находится удивительной красоты образ святого Николая. Из упразднённого Никольского монастыря в Троицкий была перенесена великая местная святыня – резная икона-скульптура Николая Чудотворца.

Существующий архитектурный ансамбль обители сложился в XVII - XIX веках. Он включает в себя большой Троицкий храм, церковь Толгской иконы Божией Матери и малую церковь Святого великомученика Феодора Стратилата, а также живописные стены и башни. Над восточной стеной восстановлена разрушенная в советское время колокольня.