В 1836 году жителями села Виловатое была построена деревянная церковь. Кроме церкви в комплекс церковных зданий входила церковно-приходская школа, церковно-причтовые дома.

Деревянная церковь к концу XIX века оказалась тесна. Поэтому прихожане в 1900 году обратились с просьбой о позволении им выстроить каменную церковь вместимостью до 1500 человек. Начало строительства было положено в 1900 году, на пожертвования прихожан, а также на средства Бузулукского заводчика, купца 1-ой гильдии Василия Тихоновича Прохорова.

Строительство каменного храма было закончено в 1914 году. Длина церкви вместе с колокольней была около 40 метров, ширина - до 30 метров. Колокольня имела пять ярусов. В храме было три престола: центральный - во имя Архистратига Михаила, северный - в честь святителя и чудотворца Николая и южный - в честь Покрова Пресвятой Богородицы.

В 1920 году храм закрыли. В 1944 году церковь пытались взорвать. Удалось снести купол и одну стену колокольни, а также зимнюю крестильную и вход на колокольню. Окончательно разрушить храм не удалось. Здание церкви отдали под зернохранилище и стоянку для тракторов.

В 1993 году жителями села были сделаны первые шаги по возрождению церкви, начался ремонт силами прихожан. В 1995 году стали проводиться в храме первые службы.

19 ноября 2012 года в канун престольного праздника Михаила Архангела, состоялся монтаж купола колокольни и воздвижение креста, колокольня была восстановлена.