Храм Покрова Пресвятой Богородицы был построен в селении Баксан в конце XIX начале XX вв. местной казачьей общиной.

По данным, полученным от старожилов он был разрушен в 1936г..

В годы Великой Отечественной войны в Баксане действовал временный храм, организованный румынскими беженцами. Старожили утверждают, что он продолжал действовать в период немецкой оккупации, поскольку на юге России размещалось много румынских оккупационных частей.

После освобождения территории Кабардино-Балкарии в 1944г. община православных не имела постоянного помещения для совершения богослужений.

Жилой дом для перестройки под нынешнюю церковь был приобретен на средства прихожан в 1954г., первым постоянным священником стал отец Трофим (фамилия неизвестна). Данное здание сохраняется за церковью до настоящего времени. В 1957г. выстроен дом священника, в 1963г. - сторожка.

С 8 июня 1985 года настоятелем Покровского храма был протоиерей Вячеслав Чучев(†11.09.2004). Назначенный указом Епископа Ставропольского и Бакинского Антония (Завгороднего), в самые трудные годы, он нес своим прихожанам свет Евангельской истины, свет Христов. Его мудрость и миролюбие помогали поддерживать спокойствие в умах и душах горожан. Милосердие отца Вячеслава, его умение выслушать и утешить всякого приходящего были известны далеко за пределами небольшого прихода. Во внимание к понесенным трудам по благословению Преосвященнейшего Феофана, Епископа Ставропольского и Владикавказского отец Вячеслав был захоронен на территории Свято-Покровского храма.

Нынешний настоятель - иерей Михаил Самохин назначен благословением Преосвященнейшего Феофана, Епископа Ставропольского и Владикавказского.