Первое документальное упоминание о деревянной церкви во имя пророка Илии в селе Подгоры Волжского района относится к 1640 году. В 1860 году было начато возведение кирпичного здания взамен деревянного. В 1890 году строительство кирпичного здания церкви завершили.

В начале 1930-х годов ХХ века церковь закрыли, здание частично разрушили; сохранившуюся часть использовали не по назначению.

В 1993 году в селе был зарегистрирован и с тех пор действует православный приход церкви во имя пророка Илии.

Восстановительные работы в полуразрушенном храме начались в 1998 году. При расчистке территории было обнаружено множество человеческих костей. Выяснилось, что в 30-е годы прошлого века в Жигулёвских горах располагались лагеря, в том числе для ссыльных монахов, священников.

К маю 2003 года храм был поднят из руин, украшен красными куполами в цвет огненной колеснице пророка Илии, на купола водрузили золотые кресты.

По Указу архиепископа Самарского и Сызранского Сергия в июле 2003 года при храме пророка Илии села Подгоры был создан Заволжский Свято-Ильинский женский скит. Для его организации первые насельницы прибыли ещё в июне 2003 года.

10 июня 2003 года в храме была отслужена первая за последние восемьдесят лет Божественная литургия.

4 августа 2003 года архиепископ Самарский и Сызранский Сергий совершил малое освящение храма. А первую за последние сто лет Божественную литургию архиерейским служением в храме пророка Илии владыка Сергий совершил 8 августа 2004 года. С 2005 года в Ильинском храме начались ежедневные службы по полному уставному чину.

Территорию монастыря обнесли каменной оградой, были выстроены сестринский корпус, игуменский дом, трапезная, баня, домик для клира.

11 апреля 2006 года Священный Синод благословил открытие в селе Подгоры Заволжского Свято-Ильинского женского монастыря Волжского района и назначение игумений Анастасии (Шестун) настоятельницей монастыря.