Появление этого храма в Астрахани было связано с особыми событиями, имевшими для города и Астраханской церкви большое значение. 17 марта 1667 года Астраханский архиепископ Иосиф в Москве был посвящён в сан митрополита. Астраханская кафедра была поставлена на четвёртую степень достоинства в числе всех остальных русских епархий, и это было очень высокое положение. Астраханский митрополит в числе прочих привилегий получил и право совершать на Вербное воскресение так называемое «шествие на осляти». Это символическое торжественное действие было отображением тех евангельских событий, когда Господь Иисус Христос за неделю до Пасхи въехал на белом осле (знак особого отличия) в Иерусалим, где Его с ликованием встретили собравшиеся на праздник евреи, устилая Его путь своими одеждами и держа в руках веточки вайи (пальмы). «Шествие на осляти» долгое время было привилегией одних только патриархов, и только при Патриархе Никоне этой чести были удостоены 5 особо важных митрополий. С 1667 года в их число вошла и Астраханская митрополия. В Москве крестный ход с «шествием на осляти» Патриарха, причем лошадь (ослятю) вел под уздцы обязательно сам царь, совершался из Кремлевского Успенского собора в храм Василия Блаженного (Покровский собор), где Патриарх совершал особый молебен.
В Астрахани для совершения такого действия не имелось храма, подобного Московскому Покровскому собору. Прибывший летом 1667 года в Астрахань из Москвы митрополит Иосиф велит спешно построить вблизи кремля, на восточной стороне, деревянный храм. К весне 1668 года церковь в честь Входа Господня в Иерусалим была уже выстроена и освящёна. В этом году в Астрахани было совершено первое торжественное «шествие на осляти». Вот как оно происходило в этот и последующие годы: Из Успенского Кафедрального собора Астраханский митрополит, восседая на «осляти» (которую изображала белая лошадь), с крестом и Евангелием в руках, ехал во Входо-Иерусалимский храм, где читал Евангелие о вхождении Господа в Иерусалим, и служился праздничный молебен. Лошадь под митрополитом вел астраханский воевода, заменявший собою царя. Под ноги лошади, на которой восседал митрополит, дети постилали красные сукна и одежды. Впереди митрополита шло духовенство с певчими, а за ними на возке везли нарядную вербу, украшенную орехами, рожками, изюмом, яблоками и другими сладостями. Верба потом разламывалась по частям и раздавалась участникам этой торжественной процессии и народу.
К сожалению, в 1678 году этот торжественный обряд был упразднён в Русской Церкви, в том числе и в Астрахани. Входо-Иерусалимская церковь, потеряв своё первоначальное предназначение, превратилась в обычный приходской храм, расположенный в самой шумной торговой и деловой части Белого города. В 1700 году астраханские купцы Иван Васильевич и Никита Иванович Калашниковы решили на свои средства выстроить новый каменный храм. В 1703 году строительство церкви было уже закончено, и 23 сентября митрополит Сампсон освятил главный престол храма. С южной стороны был устроен придельный храм в честь Григория Богослова, освящённый 25 января этого года.
В конце XVIII века была снесена обветшавшая старая колокольня, а в 1800 году, благодаря стараниям надворного советника Ивана Андреевича Варвация, была построена новая, в духе классицизма, увенчанная шпилем, что для того времени было несколько необычно. Но зато колокольня, выстроенная в один ряд с соседними зданиями, выходившими на главную плац-парадную площадь города, смотрелась очень респектабельно.
Занимая центральное в городе местоположение, Входо-Иерусалимская церковь имела первоначально достаточный приход. Но очень скоро, в связи с постройкой в центре города новых православных храмов, количество её прихожан стало сильно убывать. Храм терял своё значение, ветшал, грозил разрушением. Спасло его основание в Астраханской епархии местной семинарии. При храме с давних времен находились деревянные здания богадельни. В 1773 году городская управа передала их за ненадобностью в духовное ведомство, и архиепископ Антоний (Румовский) разместил здесь духовную семинарию. Входо-Иерусалимский храм стал семинарским. С переселением семинарии в упразднённый Спасо-Преображенский монастырь у храма опять начались тяжёлые времена. Бывшие здания семинарии решили продать, что и было исполнено в 1873 году. Купил их армянский купец Саркисов, которому соседство православного храма было не очень выгодно для его торгово-промышленных интересов. Желая захватить все земли, принадлежавшие храму, он употреблял самые настойчивые усилия и домогательства к разрушению храма или перенесению его на другое место. Но это была не единственная беда. До 1873 года храм, хотя и был семинарским, не перестал считаться приходским и имел свой небольшой приход. В 1873 году он на основании нового расписания церквей и приходов епархии был приписан к Знаменской церкви и лишён своего причта. Храм опять стал приходить в очень ветхое состояние, требующее капитального ремонта и больших денежных вложений. К счастью для храма, на соседней от него улице – Почтовой – располагалось духовное училище. В 1874 году руководство училища возбудило ходатайство о преобразовании Входо-Иерусалимского храма в училищный, и в 1876 году Святейший Синод удовлетворил это ходатайство. Время, когда Входо-Иерусалимский храм был приписным храмом духовного училища, можно назвать лучшим в его истории. Храм был капитально отремонтирован, как снаружи, так и внутри.
Внешний и внутренний вид храма
Церковь построена в форме корабля, в архитектурном стиле известном более как «нарышкинское» барокко. Сам храм был очень невелик. Центральная часть его имела квадратную форму, на которой покоился шестигранный подкупольный барабан, покрытый черепицей. На барабане покоилась одна ажурная, немного вытянутая глава, с шестью окошками. Расширенная (немного шире главной части храма) трапеза, крытая железом, над юго-восточной частью которой высилась (похожая по форме на главную) глава бокового придела в честь Святителя Григория Богослова, на половинчатом небольшом барабане. Весь фасад храма был богато декорирован как узорчатыми деталями наличников окон, так и сдвоенными колоннами (служившими в виде разделителей различных частей храма), а также деталями из городка. Притвор храма был более позднего происхождения, чисто классической формы без всяких украшений. В классическом стиле была построена и двухъярусная колокольня, пристроенная к северной части храма. Внутри храма, в трапезе, с южной стороны находился боковой придел. Роспись со времени построения храма несколько раз обновлялась. Главный трёхъярусный иконостас, устроенный в 1892 году, имел множество керамических фрагментов, украшенных позолотой, а также резьбой и бледно-зелёной эмалью. Иконы для иконостаса были написаны в том же 1892 году.
В храме благоговейно сохранялись и древние святыни, из которых самой замечательной была икона Божией Матери, именуемая «Грузинской». Эта икона была пожертвована храму в 1691 году письменным головою Иваном Мартемьяновым.
Во время январских боёв 1918 года Входо-Иерусалимский храм чуть не погиб в огне пожара, бушевавшего в центре города. Все постройки, окружавшие храм, сгорели дотла. Погорело всё, что было в церковном дворе. Начала гореть и сама церковь. Но сгорели только некоторые наружные рамы, и пожар сам собою прекратился. Внутренние рамы оказались совершенно нетронутыми.
В последнем, сентябрьском номере Астраханских Епархиальных Ведомостей за 1918 год смотритель духовного училища священник Алексей Корсаковский выступил с воззванием, в котором просил астраханцев пожертвовать чем можно на ремонт храма: требовалось незамедлительно укрепить колокольню, более всего пострадавшую от пожара, отштукатурить снаружи весь храм, переменить повреждённую огнём кровлю и часть оконных рам, восстановить сгоревшую лестницу на колокольню, отчистить потолок и стены храма от копоти и грязи и многое другое.
Однако средства на восстановление Входо-Иерусалимского храма так и не удалось найти. Мужское духовное училище, вследствие опубликования декрета Советской власти об отделении Церкви от государства, было закрыто, и храм лишился его долголетней опеки. Бывший смотритель духовного училища о. Алексей Корсаковский в декабре 1918 года спешно организует общину при Входо-Иерусалимской церкви, пытаясь спасти её от закрытия. Но эта община была так мала, что оказалась просто не в состоянии содержать храм. К тому же над храмом нависла ещё более серьезная опасность полного его уничтожения. В связи с началом разборки в 1919 году квартала сгоревших зданий, где и находилась Входо-Иерусалимская церковь, стал подниматься вопрос и о её сносе. Храм даже отобрали у общины верующих, оправдывая свои действия её малочисленностью. Дело шло к самому худшему завершению. Но в защиту Входо-Иерусалимского храма выступил профессор А.А. Дмитриевский, который через секцию по делам музеев и охране памятников искусства и старины направил в отдел городского и сельского строительства своё заключение, где говорилось, что «Входо-Иерусалимская церковь… принадлежит к числу древнейших религиозно-монументальных памятников г. Астрахани… он хранит в себе и доселе дивные образцы русского живописного искусства… и исчезновение этого храма с лица Астраханской земли, несомненно, потеря одной из лучших страниц культурной истории нашего края». Для подкрепления своих утверждений профессор А.А. Дмитриевский предложил обратить Входо-Иерусалимскую церковь в древнее хранилище или музей для хранения памятников старины и искусства. С этим предложением профессор обратился в Комиссию по проведению в жизнь декрета об отделении Церкви от государства, и та на своём заседании от 27 августа 1919 года поддержала это предложение. Таким образом, Входо-Иерусалимский храм был сохранён, выдвигались даже предложения о его реставрации, но они, как и предложение об организации в его стенах музея, остались только на бумаге. Входо-Иерусалимскую церковь просто заколотили, и она простояла в таком состоянии до 1928 года. В этом году было положено начало безудержной компании по уничтожению церковных зданий. Астраханский горсовет, сокрушаясь по поводу того, что в городе находится слишком много действующих храмов, а также изъятых ранее, но не используемых или не сломанных до сих пор, лишь констатировал, что положительным в этом отношении «результатом пока является разборка б. Входской церкви». Входо-Иерусалимская церковь оказалась первой из длинной череды уничтоженных храмов г. Астрахани. На её месте и на месте ранее снесённых сгоревших зданий в начале 30-х годов вырос квартал из сталинских трёхэтажек, сохранившихся и до настоящего времени.
В 1928 году этот, по выражению советских работников «замечательный памятник архитектуры», снесли одним из первых астраханских храмов. В 1933 году на месте Входо–Иерусалимского храма и прилегавших к нему зданий вырос квартал из сталинских трёхэтажек, сохранившихся и поныне.