Станица Прохладная основана в 1765 году. До 1873 года в 4-ом Благочинническом округе Владикавказской Епархии в станице Прохладная был деревянный храм. В 1873 году храм сгорел.

В 1877 году при сходе общества с 2300 душ, вынесен Общественный приговор жителей станицы Прохладная о постройке каменной Церкви вместо сгоревшей.

7 февраля 1880 года (Протокол №13) решено новую церковь построить на месте сгоревшей.

13 февраля 1881 года рассмотрен вопрос о начале строительства Никольской церкви.

В 1882 году начато строительство новой каменной церкви по авторскому проекту областного архитектора Терского округа Михаила Адамовича Сурмиевич.

Окончено строительство в 1886 году.

Храм построен в форме Креста вместимостью до 1000 человек. Храм двуклирый. Согласно Терского календаря на 1910 год, Храм Николая Чудотворца освящен 6 декабря 1886 года.

Церковь Благочинная была снабжена Богослужебными книгами, утварью и ризницей. Были помещения для прихожан. Имелась библиотека. В ней находилось до 220 названий разных книг - томов, духовно-нравственного содержания. Имелись сочинения, такие как, например: Толковое Евангелие и Апостол.
В 1894 году была школа грамотности, называлась «Народной».
Имелось Церковно-приходское попечительство. При попечительстве имелись книжные и иконные лавочки. В лавочках имелись: Библия, Святое Евангелие, Молитвенник, Псалтырь, «Житие святых», Троицкие листки и другие недорогие книжки, крестики, иконы.
В Прохладненском попечительстве воспитывали круглых сирот, помогали больным, бедным и семьям заключенных.

Храм станицы Прохладная выделялся богатством своей ризницы. В ней имелось до 20 облачений. Были очень ценные, стоимостью до 600 рублей.

В 1889 году в станице Прохладная была открыта женская Церковная школа. В ней обучалось 55 девочек. Учителем был Александр Васильев. В 1938 году данную школу отобрали.

В 1894 году, несмотря на большое расстояние между городом Моздок и станицей Прохладная, собралось много народа и на руках была перенесена икона «Моздокской Божией Матери» в станицу Прохладная. Притчи других станиц по пути следования выходили к границам своих земель, с молебнями присоединялись к шествию до станицы Прохладная.

Купец Кащенко Митрофан пожертвовал 100 рублей. В 1895 году была одна церковь, священников - 2,. псаломщиков -1. В 1898 году на территории Церкви находилось:

1. Церковь каменная - 1, стоимость - 40000 рублей.

2. Церковно-приходская школа - 1 деревянная, стоимость - 400 рублей.

3. Церковно-причтовые постройки - 1 деревянная, стоимость - 2500 рублей.

4. Церковная сторожка - 1 деревянная, стоимость - 450 рублей.
Ремонт, перестройки церкви и других помещений производились на собранные средства от прихожан.

В 1901 году была построена колокольня, стоимостью 5000 рублей по проекту Михаила Адамовича Сурмиевич, а в 1967 г. Храм с колокольней соединен притвором, при настоятеле Церкви протоиерее Иоанне Остапчуке.

В 1938 году коммунистами были сброшены шестидесятипудовые колокола. Даже хотели разрушить Храм, но верующие защитили. Новый комплект колоколов был приобретен в 1989г. при настоятеле Иоанне Куба.

На территории храма действуют Воскресная школа с двумя классами и Крестильный Храм в честь Иоанна Предтечи.