Каменная церковь построена в 1781 году по просьбе жителей Свистушенской слободы. Разрешение на строительство было получено в 1779 году. Позднее церковь расширили, достроив ещё один придел в честь праздника Усекновения главы Иоанна Предтечи. Но наиболее почитаемым оставался придел, сооружённый в честь святого пророка Ильи. Из-за этого Богоявленскую церковь иногда именовали Ильинской. В конце позапрошлого века храм получил дополнительное украшение в виде великолепного четырёхъярусного иконостаса.

Звонница церкви состояла из шести колоколов. Самый большой из них весил 152 пуда. Отливался он на заводе Оловянникова в городе Ярославле мастером Семёном Горошковым в 1843 году. Как было принято в то время, подле церкви располагалось кладбище, на котором хоронили жителей села. В 1823 году рядом с Богоявленской церковью появилась новая – каменная церковь Введения Пресвятой Богородицы.

В советские годы храм закрыли. В 1937 году в здание церкви размещён краеведческий музей.