Покровская деревянная церковь в селе Пупки собрана в 1857 году на месте сгоревшего тремя годами ранее храма. Храм был привезён из села Орловка-Троицкое Епифанского уезда Тульской области (Троице-Орловка Скопинского района). В селе Орловка-Троицкое церковь построена была в 1771 году и именовался в честь святой Варвары. После постройки каменной церкви, деревянную разобрали по бревнам и продали в соседний приход села Пупки.

После 1857 года - времени обоснования на новом месте - церковь несколько раз подновлялась и частично перестраивалась, но богослужения в ней не прекращались вплоть до конца 1930-х годов.

Церковь закрыли. Здание использовалось под складские помещения местного колхоза «Красный горняк».

Решением Рязоблисполкома от 28 августа 1971 года № 250 храму присвоили статус памятника истории и культуры регионального значения.

21 марта 2011 года прокуратура Скопинского района провела проверку. Было зафиксировано «удовлетворительное» целостное состояние здания церкви, но, по всей видимости, детально сотрудники правоохранительных органов в проблему все же не вдавались (ведь уже тогда храм разрушался). А буквально еще через три зимы памятник фактически перестал существовать…