Каменная церковь Иоанна Богослова построена в 1814 году вместо деревянной, известной с 1563 года. В храме хранится особо чтимая икона св. вмц. Варвары, явившаяся по преданию возле колодца в Купани.

В советские годы церковь Иоанна Богослова в Купани была закрыта.

В 1996 году храм возвращён верующим.