Осн. в 1635 как мужской м. у Покровской заставы, на Семеновской улице на «комнатные деньги» царя Алексея Михайловича на месте Убогого (Божьего) дома с кладбищем для погребения странников, неимущих, умерших внезапной или насильственной смертью (м. «Покрова на Убогих домах»). При Божедомском кладбище существовали огромные ледники, в которых хранились тела умерших. Два раза в год (на праздник Покрова Пресвятой Богородицы и в седьмой четверг по Пасхе) их погребение совершалось на средства и при участии добровольцев из всех московских сословий.

На месте будущего м. издревле существовал храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы. На средства царя Алексея Михайловича в 1655 был постр. каменный храм с приделами св. апостолов Петра и Павла, свт. Николая Чудотворца, свт. Ионы, митрополита Московского, преп. Илариона Великого и преп. Нила Столо-бенского (выстр. заново в 1808). В 1682 на средства царя Федора Алексеевича постр. каменный храм во имя Всех Святых, перестр. в 1792-98, а затем в 1854-55 (по проекту арх. М.Д.Быковского). Переосв. в честь Воскресения Словущего (Обновления храма Воскресения Христова в Иерусалиме).

Убогий дом и Божедомское кладбище существовали при м. до 1721. С 1680 по 1731 м. был приписан к Заиконоспасскому м. С 1751 по 1776 в м. размещалась Духовная семинария. Во время эпидемии чумы (1770—72) в м. была устроена больница, кладбище использовалось для захоронения умерших от моровой язвы. В 1799 была постр. трехъярусная колокольня в псевдоготическом стиле.

В 1812 во время наполеоновского нашествия м. осквернен и разграблен. Братия м. подвергалась истязаниям. Восстановлен в 1815. Окончательно обустроен в 1830. На погосте м. хоронили настоятелей и насельников московских и подмосковных м., священников храмов, находившихся в центре города (захоронения на приходских кладбищах в городской черте были запрещены в 1771). В подклете Покровского храма были похоронены грузинские иерархи: митрополит Иона (ск. 1821) и архиепископ Пафнутий (ск. 1823), дети царя Георгия XII: Илия, Окропир и Ираклий, дочь имеретинского царя Соломона царевна Дария. Под Воскресенским собором — митрополит Илиопольский и Ливанский Неофит (ск. 1853). На м. кладбище находились могилы двух выдающихся миссионеров: настоятеля Высокопетровского м. архимандрита Вениамина (Петухова), председателя Братства свт. Петра, митрополита Московского, и его отца — архимандрита Филарета (Петухова), проповедовавшего Евангелие бурятам. В м. были также погребены представители многих дворянских (Ермоловы, Фонвизины, Шеншины и др.) и именитых купеческих фамилий. В числе последних — известные благотворители
А.Д.Расторгуев и М.И.Крашенинников, представитель купеческого рода писатель В.П.Боткин (ск. 1869).

С 1870 — миссионерский м., место подготовки будущих и отдыха заслуженных миссионеров. При м. действовали школа для мальчиков-певчих и богадельня для престарелых. В 1916 открыт лазарет для раненых и больных воинов. Закрыт в 1920. Храмы действовали до 1926. В конце 1920-х снесли м. кладбище. Колокольня (до 1-го яруса) и купола храмов разрушены. В зданиях м. размещались различные учреждения, в храмах — типография, библиотека, спортивный зал. Часть территории занимал Парк культуры Ждановского района.
Возрожден в октябре 1995 как женский м.

Храмы.

Покрова Пресвятой Богородицы храм (1808), двухэтажный, с 6 приделами: в верхнем ярусе — центральный Покрова Пресвятой Богородицы, правый апостолов Петра и Павла, левый свт. Николая Чудотворца; в нижнем ярусе — центральный сет. Ионы, митрополита Московского, правый преп. Илариона Великого, левый преп. Нила Столобенского. В Покровском храме — мощи блаженной Матроны Московской, перенесенные I.V. 1998 с Даниловского кладбища.

Воскресения Словущего храм (1854—55) с приделами: Воскресения Словущего (центральный), правый блаженной Матроны Московской, левый Тихвинской иконы Божией Матери.

Святыня — икона Божией Матери «Взыскание погибших», написанная по благословению блаженной Матроны.

Сохранились первый ярус колокольни, келейные корпуса и ограда с башнями и воротами (XIX в.).

В 1995 году монастырь возвращен Русской Православной Церкви. Обитель возобновилась как женская, настоятельницей монастыря назначена игумения Феофания (Мискина). За прошедшие годы монастырю были возвращены все здания и часть территории (до сих пор на месте бывшего кладбища располагается Таганский парк культуры и отдыха). При обители имеется детский приют для девочек.

Колокольня монастыря.

По описи 1763 года Колокольня Покровского монастыря была каменная, шатровая, с осмью колоколами и с нeмецкими боевыми часами. В 1799 году была перестроена, в трехъярусную в Нeмецком стилe, вышиною со шпилем и крестом 15 сажен. В ней замeчательны старые колокола, литые славным в свое время мастером Слизовым, как видно из слeдующих надписей на полилейном: «1750 году марта 28 день вылит се колокол во обитель Покрова Престыя Бцы, что при Москвe на убогих домeх, при державe благочестивeйшия и самодержавнeйшия великия гдрни императрицы Елисаветы Петровны, самодержцы всероссиской и при наследнике ея внука Петра первого благовeрном гдре и великом князе Петре Феодоровиче и супруге его благовeрной гдрне и великой кнгне Екатерине Алексeевне, вкладом бывшего того мнтря строителя иеромонаха Силы впред для поминовения; весу в нем 130 пуд, лил мастер Констентин Михайлов снъ Слизов.» На будничном: «1747 году апреля 12 дня вылит сей колокол во обитель Покрова Пресвятые Бцы, что на убогом дому, старанием строителя иеромонаха Силы; вкладчика Данилы Яковлева сна Земсково и протчих христолюбивых дателeй, вeсу 66 пуд, 27 ф. лил мастер Костантин Михайлов снъ Слизов.»

В 1926 г. была взорвана.

2 мая 1999 г. Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II освятил закладной камень новой монастырской колокольни на месте разрушенной. Двенадцать колоколов отливали на знаменитом Тутаевском колокольном заводе Николая Шувалова (ООО «Италмас»), сохранившего более чем 300-летнюю традицию русского литья колоколов «в глину». Колокола эти отличаются прочностью, благозвучием и необыкновенной мощью звучания.

4 октября 2002 г. Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II совершил освящение колокольни и колоколов.