По описи 1763 года храм Покрова Божией Матери был каменным, одноглавым, с придeлом св. Иоанна Дамаскина. В 1806 году храм Покрова Божией матери был разобран. Двух-этажная каменная, крестообразная одноглавая церковь Покрова Божией Матери, заложенная 1806, совершена в 1810 году, иждивением доброохотных дателей и старанием строителя Ионы. Здeсь престолы: вверху Покрова Божией Матери, на правой сторонe св. Апостолов Петра и Павла, на лeвой Святителя Николая, внизу Святителя Ионы, по сторонам придeлы во имя преподобных Илариона великого и Нила Столобенского. Таким образом церкви этой обители вмeщают в себe, по чину девяти чинов ангельских, девять престолов. В верхней Покровской церкви возобновленный и украшенный Ионою престол освящен был в 1825 году Московским архиепископом Филаретом.

В 1929 г. Вышло постановление о закрытии монастыря. После 66 лет разрухи и запустения в 1995 г. по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II здесь возобновлен Покровский ставропигиальный женский монастырь с назначением настоятельницы обители монахини Феофании (Мискиной).

4 апреля 1998 г. Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II совершил освящение 1-го этажа храма Покрова Божией Матери и крестов Воскресенского и Покровского храмов.

22 ноября 1999 г. Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II совершил Великое освящение храма Покрова Пресвятой Богородицы.