Шатровая Покровская церковь (до XVIII в - Троицкая) входит в комплекс сооружений, находящихся к востоку от Троицкого собора. Создание Покровской церкви, в свое время являвшейся домовой церковью Ивана Грозного, до недавнего времени относили к 1570-м гг. Натурные исследования 1990-х гг. (изучались строительные материалы, особенности кладки и т.п.) позволили сделать вывод, что Покровская церковь построена одновременно с Троицким собором, т.е. в 1510-х гг. Таким образом, первой шатровой церковью на Руси нужно считать именно Покровскую церковь в Александровской Слободе, а не Вознесенский храм в Коломенском. В комплекс сооружений входят также построенные в XVII веке шатровая колокольня и двухэтажная трапезная, которую можно рассматривать как переделанный (в верхней части) дворец Ивана Грозного (1570-е гг.). Сохранились белокаменные подвалы, в которых в настоящее время расположена музейная экспозиция. Большой интерес представляют фрески (XVI в.), покрывающие внутреннюю часть шатра Покровской церкви.