Построен в первой половине 16 века, неоднократно перестраивался. До перестройки в 1770 году именовалась, как церковь во имя святого Иоанна Предтечи. Являлась домовой церковью.

Закрыта в конце 20-х годов прошлого столетия. Использовалась, как жилое помещение и хранилище Государственного Исторического музея.

Здание после 1994 года совместно используется РПЦ и ГИМом. Праздничные богослужения проводятся 7 декабря в день памяти святителя Амвросия Медиоланского.

22 марта 2010 Новодевичий монастрь возвращен РПЦ. В церкви Святого Амвросия епископа Медиоланского (Миланского) проводятся богослужения.